Скорее бы - стилистически нейтральный вариант, скорей бы - разговорный.
Раздельное написание верно. После вводного слова "скорее" (если это вводное слово) нужна запятая.
Вводным сочетанием скорее всего начинается третья часть сложного предложения, соединенная со второй частью бессоюзной связью. Эта часть имеет значение причины, обоснования (отвечая на вопрос «Почему его уже не было?»), и вместо тире лучше поставить двоеточие.
Слово «скорее» не требует постановки знаков препинания, если в предложении подразумевается сопоставление «скорее… чем», «скорее… нежели»: они больше боятся, нежели что-то иное.