Да, в этих случаях запятые нужны.
Возможно так: а единственное напоминание о переправе - не до конца разобранные стены - раскинулось...
Отглагольное прилагательное неконопаченый образовано от глагола несовершенного вида конопатить. Наличие приставки не не влияет на его написание (см. параграф 99 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Пожалуйста, воспользуйтесь "Проверкой слова".
Верно: о стену. Вариант с предлогом об устаревший.
Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом. В таких конструкциях, как указано в пункте 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, запятая обычно ставится (Кто приехал, у нас ночевать будут), однако может не ставиться «при отсутствии интонационного отделения» (Найдите мне кто вяжет). Сравним вариант с соотносительным словом: Преобразите стены так, как мечтали — здесь запятая точно требуется.
Оплатить то, за что платят: учебу, поездку, лечение. Уплатить то, что платят: взнос, штраф, пени.