Нет, это не омонимы. В сочетании красный командир прилагательное изменило свое значение.
На форму согласования сказуемого не влияет наличие при подлежащем уточняющих или пояснительных слов, присоединительных конструкций, сравнительных оборотов и т. д.: Красный сигнал, в том числе и два попеременно мигающих красных сигнала, запрещает движение.
Уместность кавычек нужно определять в контексте. Без учета контекста можно лишь заметить, что зеленым змием принято называть спиртные напитки, водку; такое употребление закреплено словарями и не требует постановки кавычек.