Верно: три бутЫли, пять бутЫлей. Это слово женского рода, ударение во всех формах падает на Ы.
Корректно: ПЭТ-бутылка. Пишутся через дефис сложные слова с первой частью – буквенной или звуковой аббревиатурой.
Ответ «Банку» или «Бутылку» возможен. Форма единственного числа может здесь употребляться в значении множественного.
Запятая поставлена правомерно.
Слова по требованию не являются вводными и не требуют обособления.
Однако обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей, для смыслового выделения или попутного пояснения могут обособляться. Таким образом, в Вашем примере запятая может ставиться, но вовсе не обязательна.
Лучше: стояло три бутылки.
Нормативные словари указывают для этого выражения только ударение пить из го́рла, однако словари разговорной речи фиксируют формы с/из горла́.
Предлог на используется в сочетании со словом тема: вариация на тему. Ваш пример не кажется удачным.