В нашем «Словаре улиц Москвы» такое название зафиксировано. Вот что пишет об ударении в этом названии «Словарь собственных имён русского языка» Ф. Л. Агеенко:

Колеблется в употреблении наименование Воротниковский пер. Назван по находившейся здесь с XV в. Воротниковской слободе, жители которой — «воротники» — охраняли ворота Кремля, Китай-города и Белого города. В прилагательном, образованном от слова «воротник» (сторож у ворот), ударение передвигается ближе к концу слова: воротниковский.

Ошибки нет. Не всегда место ударения в топониме совпадает с ударением в производных словах.  Ср.: улица Островитянова и К. В. Островитянов (подробнее см. в ответе на вопрос № 243636).

С существительным переулок употребляется предлог в: в Бродниковом переулке.

Правильно: дом в Вокзальном переулке. Сочетаемость предлогов в и на с существительными обусловлена традицией (в переулке – на улице). Видимо, дело в том, что переулок больше связан с представлением об ограниченном пространстве.