Если на этом предложение (или придаточная часть предложения) завершается, то запятую ставить не нужно.
Предпочтительно без запятых: Город знаешь где?
Согласны. Логически верно: Инструкция по идентификации опасностей, оценке и управлению рисками. Иначе получаются странные по смыслу сочетания "индентификация оценки" и "идентификация управления".
Да, такой перенос ошибочен. Одно из основных правил переноса: нельзя отрывать согласную от следующей за ней гласной. Но это не грамматическая, а орфографическая ошибка: правила переноса относятся к орфографии.
Меры не проводят, их принимают. Корректно: оценка мер, принимаемых (принятых) правительством.
И оценку, и отметку. Оба слова есть в русском языке.
В этом предложении не нужны запятые: А она знаешь что ему ответила?
Запятая стоит верно.