Правилен второй вариант.
Запятая не нужна, так как союз и соединяет части сложносочиненного предложения, но имеется общий второстепенный член в ходе расследования.
Вы расставили знаки препинания верно, хотя лучше было бы изменить порядок слов: В ходе вебинара девелоперы обсудили, как эффективно контролировать поставки и управлять логистикой.
Дополнительные знаки препинания не нужны.