Правильно: Управление муниципального имущества (как название административного органа), но: управление муниципальным имуществом (действие).
Об организации (структуре): управление чего. О деятельности: управление чем.
Оба варианта возможны, выбрать более удачный вариант следует исходя из контекста.
На наш взгляд, верен первый вариант.
Органы управления образованием = органы, управляющие образованием. Органы управления образования = органы, входящие в состав такого органа, как управление образования.
Слово управление пишется с прописной буквы, если употребляется как первое слово в официальном названии, например: Управление делами Президента Российской Федерации, Управление международного сотрудничества Российской академии наук.
Слово управление требует родительного падежа в значении 'административный орган какого-либо учреждения, предприятия и т. п.': районное управление образования. Если же значение 'регулирование работы', необходим творительный падеж, например: управление образованием – дело непростое.