После процесс запятая не нужна. Правильно: IT-служба, IT-отдел.
К сожалению, вопрос не является лингвистическим. Следует задать его специалистам по делопроизводству.
Корректно: Работник принимается в структурное подразделение "служба главного инженера" на должность инженера.
Запятая перед чтобы не требуется (подробно об этом см. в "Справочнике по пунктуации"). Остальные знаки препинания расставлены верно.