Корректно: Убраны 21 499 тонн зерна.
Возможны оба варианта. По основному правилу тире между подлежащим, выраженным личным местоимением, и сказуемым, выраженным существительным в именительном падеже, не ставится. Оно допускается, если необходимо отразить интонационное разделение предложения, наличие двух акцентов – на подлежащем и на сказуемом.
Если названия написаны кириллицей, то они пишутся в кавычках с большой буквы. Если латиницей - без кавычек.
Все верно. Есть правила сочетания с числительными: http://www.gramota.ru/book/litnevskaya.php?part4.htm#i4
Сочетание заключить проект некорректно. Заключить можно договор, соглашение, а проект — согласовать.