Да, эта мужская фамилия склоняется: Иван Печень, Ивана Печеня, Ивану Печеню, Ивана Печеня, Иваном Печенем, об Иване Печене. Женская фамилия несклоняема.
Первый вариант правильный.
Запятую после слов с уважением принято ставить.
Верно: Уполномочиваю Иванова Ивана Ивановича представлять интересы...
В нашей эпистолярной традиции принято обращение по имени или имени и отчеству. Обращение по фамилии обычно используется в том случае, если известны только инициалы имени и отчества адресата либо если отчество не известно.
Правильно без запятой.