Существительное ара 'попугай' несклоняемое. Правильно: мы повстречали голубого ара.
Правильно: ГБУ ОО ЗО «СОШ № 9 им. Героя Советского Союза Ю. А. Гагарина» г. Мелитополя.
Верно: со штаммами возбудителя.
Такой «перенос» не запрещен правилами, однако, на наш взгляд, если есть техническая возможность не отрывать аббревиатуру от названия, то лучше ею воспользоваться.
А как в паспорте у выпускника – Махамад или Махамадович? Написание в документах должно соответствовать написанию в паспорте.
Максимально подробно академические правила употребления прописных и строчных букв сформулированы сейчас в работах членов Орфографической комиссии РАН Е. В. Арутюновой, Е. В. Бешенковой и О. Е. Ивановой (Арутюнова Е. В., Бешенкова Е. В., Иванова О. Е. Русское правописание с комментариями. Книга 4. Прописные и строчные буквы в собственных именах. Графические сокращения. М., 2023; см. также эту статью).
Специалисты отмечают, что артикль аль (варианты его написания, отражающие ассимиляцию согласного с последующим согласным ад, аз, ан, ар, ас, ат, аш, и другие его модификации, например: ль, ш, т, зуль, оль, уль), согласно правилу о написании служебных слов, пишется со строчной буквы (как в середине, так и в начале именной конструкции). Только в начале предложения артикль пишется с прописной буквы.
При этом слово Аль (‘род, семейство, династия’), которое в русском языке совпадает по произношению и буквенному составу с артиклем аль, но употребляется в составе названий правящих династий, пишется с прописной.
Может быть, вздулись от неистовства?