Если имеется в виду, что решили отказаться от обработки, то верно: Решение об отказе от «клише» на первичных документах и их дальнейшей обработки... (отказе от обработки).

Если имеется в виду, что после отказа от «клише» решили обрабатывать документы в центральном офисе путем перехода на «чек» и электронные реестры, то верно: Решение об отказе от «клише» на первичных документах и их дальнейшей обработке... (решение об обработке).

Вы совершенно правы. Если вводное слово (сочетание) стоит в начале или в конце обособленного оборота (обособления, уточнения, пояснения, присоединения), то никаким знаком препинания от оборота оно не отделяется. 

Вы правильно расставили знаки препинания в предложениях. При изменении порядка частей пунктуационное оформление сохранится, сравним: Сегодня мы писали сочинение на тему «Умен ли Чацкий?»; Вопрос, умен ли Чацкий, уже 200 лет встает пред читателями.

Заключать слово обедаешь в кавычки неуместно, поскольку говорящий «подсказывает» адресату смысл, но не форму глагола (ведь тот должен поставить глагол в форму первого лица). Что касается знака препинания в указанной позиции, то часть вернее будет сказать произносится в убыстренном темпе и не несет в себе оттенка предупреждения (нет логического ударения на глаголе сказать), она близка по функции к вводному предложению. Соответственно, здесь уместна запятая или тире: Думаю, вернее будет сказать, обедаешь; Думаю, вернее будет сказать — обедаешь.

Постановка знаков препинания в предложении корректна. Ср. примечание к параграфу 42.3 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:

Сравнительный оборот союзом как, находящийся в середине предложения, отделяется запятой, если нужно показать, к какой части предложения он относится: Я почувствовал на моих волосах прикосновение слабой, как лист дрожавшей руки (Т.) — не «слабой, как лист», а «дрожавшей, как лист»; Я мчался на лихом коне, как ветер волен и один — не «мчался, как ветер», а «волен и один, как ветер»...

Романтический – 1) относящийся к романтизму как направлению в литературе и искусстве и как художественному методу (употребляется в словосочетаниях терминологического характера): романтическое искусство, романтическая школа; 2) свойственный романтику, исполненный романтики, эмоционально-приподнятый, привлекающий своей таинственностью: романтическая самоотверженность, романтический вечер. Романтичный – содержащий элементы романтизма, таинственности, мечтательности: романтичный характер, романтичная молодость, романтичные фантазии.

Таким образом, эти слова синонимичны и взаимозаменяемы в значении 'содержащий элементы таинственности, исполнненый романтики', возможно: романтический подарок и романтичный подарок, романтический вечер и романтичный вечер. Но в значении 'относящийся к романтизму (направлению), связанный с ним' возможно только употребление прилагательного романтический, не романтичный.

В итоге вот что получается (далее о цитатах, но то же самое относится и к прямой речи): 76">http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=rubric76

Да, запятая нужна: И, как в лесу, было неуютно и глухо в этой необжитой комнате.