Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

По нашему мнению, если цитируется только реплика диалога, нет оснований оставлять тире, достаточно кавычек.

Если цитируется диалог вместе с авторскими словами, то тире внутри диалога сохраняются.

Дело в том, что формулировка "приказываю" - это обязательный элемент распорядительной части приказа. Обратитесь к справочникам по делопроизводству и шаблонам документов.

Знаки препинания расставлены верно: О том, как отразилось в организме новотельных коров вскармливание им в сухостойный период добавки «Танамин Zn», включающей в себя лизин, метионин, хелатное соединение цинка и экстракт древесины сладкого каштана, можно судить по материалам, изложенным в данном разделе.

Запятая перед словом как разделяет части сложного предложения; запятая перед словом изложенным выделяет причастный оборот.

Предпочтительна форма мн. числа сказуемого (не позволили). При прямом порядке слов (сказуемое следует за однородными подлежащими) обычно употребляется форма мн. числа сказуемого, при обратном порядке (сказуемое предшествует подлежащим) – форма ед. числа.

Запятая после изучайте нужна.

Иноязычные фамилии на -ин имеют в творительном падеже окончание -ом: Гмелином.

Запятая не требуется. Не обособляются определения нераспространенные и с зависимыми словами, стоящие после местоимений отрицательных, неопределенных, указательных, определительных, образующие с ними единую группу (ударение падает на определение).

Орфографическим правилам соответствует написание Военмех. Однако нужно учитывать, что в официальных документах и на сайте  БГТУ им. Д. Ф. Устинова используется вариант ВОЕНМЕХ.