Строй предложения, о котором Вы пишете, невозможен. Если мы уберем придаточное, то останутся две не связанные друг с другом части (Озеро окружено густым лесом, и немало крупных птиц). Вариант с запятой ошибочный.

После того как - составной союз, соединяющий части сложноподчиненного предложения. Запятая ставится между предикативными частями предложения: либо перед союзом, либо перед словом "как". Решение о месте постановки знака препинания принимает автор текста.

Предложение стилистически некорректно, его части плохо связаны по смыслу между собой.

Верная пунктуация: Особо следует подчеркнуть 10-летний опыт хирургии травм селезенки, и при этом ретроспективный анализ не выявил ни одной посттравматической кисты.

Запятая перед союзом и не нужна, так как он связывает две однородные придаточные части; главная часть при этом достраивается: [Мы расскажем,] почему дети боятся темноты и при чем тут поиски страшных книг.

Как ни удивительно, но это слово до сих пор не зафиксировано нормативными словарями современнного русского языка. Однако с точки зрения правил корректно дефисное написание и склонение только второй части наименования: с крем-чизом. 

Это нормальное для русского языка выражение. Союз чтобы может присоединять придаточную часть сложноподчинённого предложения, в которой раскрывается содержание просьбы, приказа и т. д., обозначенных глаголом (в данном случае проверьте) в главной части.

Если имеется в виду сначала (сперва) было колесо, то уместно использовать наречие вначале, которое пишется слитно. Если подразумевается, что колесо располагалось в начальной части чего-либо, нужно использовать сочетание предлога с существительным начало.

Если имеется в виду запятая перед союзом и, то она не нужна, так как союз соединяет две однородные придаточные части: Лиза еле дождалась, когда уйдёт Глеб и они с матерью останутся наедине.

Приставка не- с краткими прилагательными, как правило, может быть написана как слитно, так и раздельно. Однако в поговорке Не любо — не слушай раздельность написания поддерживается параллелизмом отрицательной конструкции во второй части.

Слово коронавирус образовалось не в русском языке, оно было заимствовано. Гласная а на конце первой части этого слова была унаследована от языка-источника. Такова судьба некоторых других заимствованных слов, например: вибрафон, гексаген, дельтаплан, ротавирус.