Показатель инфинитива -ть(-ти) в основу не входит.

Если окончание определять как формообразующую морфему, выражающую хотя бы одно из грамматических значений рода, числа, падежа, то показатель инфинитива (-ть, -ти) следует считать формообразующим суффиксом (как и суффикс прошедшего времени -л-). Такой подход удобен для обоснования некоторых орфографических явлений. Подробнее см. об этом в учебнике Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников». Однако в науке есть и другая точка зрения, согласно которой -ть и -ти определяют как окончание. 

В стилистическом словаре вариантов Л. Граудиной, В. Ицковича, Л. Катлинской «Грамматическая правильность русской речи» указано: «В многочисленной группе двойных наименований разнообразных явлений внешней жизни, названиях учреждений, предметов обихода, изобретений, машин и т. д. обычно склоняются оба компонента». Таким образом, несклонение одной из частей (как в случае с плащ-палаткой) в этой группе наименований – скорее исключение, чем правило. Да и аналогия с плащ-палаткой (где, действительно, не склоняется первая часть) не вполне корректная: мы сейчас разбираем вопрос о склоняемости / несклоняемости второй части составного слова.

Вы привели пары слов, а не форм слов. Названные Вами суффиксы словообразующие. Обратите внимание: в слове косыночка суффикса -очк- нет. Косыночка образуется от косынка, к основе косынк- прибавляется суффикс -к-, при этом в основе происходит чередование к/ч и перед ч появляется беглая гласная о. Однако в начальной школе обычно не разграничивают суффикс -очк- и сочетание очк, появившееся на стыке морфем, так как для выбора написания различие это никакого значения не имеет, а объяснение сложных морфонологических явлений может запутать ребенка.

Термальный — прилагательное, образованное от слова термы и используемое в описаниях природных явлений и процессов, связанных с теплом; ср.: термальные воды, термальные источники, термальный курорт. В прилагательном термический нашли отражение представления о физическом явлении теплоты и его применении; ср.: термическая обработка металлов, термическое сопротивление и воздействие, термическая защита. Следует иметь в виду, что прилагательные входят в терминосистему физических наук, поэтому их значения и значения отдельных выражений, в частности термальная энергия и термическая энергия, термальная обработка и термическая обработка, необходимо уточнять у специалистов.

Мы не рекомендовали писать "в глубь проблемы" раздельно. Мы отметили лишь, что при сопоставлении однородных членов предложения уместно писать раздельно: проникнуть в глубь и в сущность.

Правила не менялись одномоментно. Есть несколько достаточно авторитетных справочных изданий, в которых рекомендации совпадают не во всем. Эти расхождения могут отражать как разные взгляды авторов, так и эволюцию языковых явлений. Отделять знак сноски (цифру, звездочку и под.) пробелом или нет от слова — вопрос скорее не пунктуационный, а графический. Вполне логично в его решении придерживаться специальных рекомендаций. Однако заметим, что в справочниках Д. Э. Розенталя в разделе «Последовательность знаков при сноске» и при оформлении сносок в тексте единообразия нет (мы посмотрели «Справочник по правописанию и литературной правке» 1967 и 1985 гг. и «Справочник по пунктуации для работников печати» 1984 г.).

В приведенных примерах следует использовать существительные в форме множественного числа.

Имя существительное, которому предшествует два или несколько определений, указывающих на разновидности предметов, ставится в форме единственного числа:

1) если существительное не употребляется в форме множественного числа;

2) если существительное во множественном числе имеет иное значение, чем в единственном;

3) если между определениями стоят противительные, разделительные или сопоставительные союзы;

4) если перечисляемые разновидности предметов или явлений внутренне связаны, например, в сочетаниях терминологического характера;

5) часто, если определения выражены порядковыми числительными или местоименными прилагательными.

Имя существительное ставится в форме множественного числа:

1) если подчеркивается наличие нескольких предметов;

2) если имеется предшествующее определение в форме множественного числа;

3) если определяемое существительное стоит впереди определений.

Подробнее читайте в «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя.

Главное отличие качественных прилагательных от относительных состоит в том, что только качественные прилагательные обозначают признак, который может проявляться в большей или меньшей степени; относительные прилагательные называют признак, который не может проявляться с разной степенью интенсивности. Исходя из этого определения и из значения слова кошерный 'приготовленный в соответствии с религиозными законами (о пище)', это прилагательное следует считать относительным (блюдо либо соответствует религиозным законам, либо не соответствует, оно не может быть «более кошерным» или «менее кошерным»).

Однако если мы говорим о слитном/раздельном написании не с прилагательным кошерный, не столь существенно, качественное это прилагательное или относительное. Вполне возможно и слитное написание некошерный (пишется слитно не с существительными и прилагательными, если в сочетании с не они обозначают непринадлежность к какому-либо разряду лиц или явлений). Поэтому допустимо написание некошерные (при обозначении непринадлежности к кошерной пище) и не кошерные (если необходимо подчеркнуть отрицание). Окончательное решение – за автором текста.

"Лингвистического" правила нет. Следует руководствоваться принципом информационной достаточности. Т. е. теоретически без данного уточнения читатеть может подумать, что в тексте речь идет о городах Владимир, Ярославль и др., не являющихся административными центрами соответствующих областей.