Написание таких слов словарно, а их словарное написание устанавливается орфографистами на основании многих факторов. См. ответ на вопрос № 310095.

В справочниках по правописанию традиционно говорилось о различном пунктуационном оформлении оборотов с предлогом кроме в зависимости от того, имеет ли он значение исключения или включения (раньше обороты с предлогом кроме со значением включения знаками препинания не выделялись). Авторы процитированного Вами справочника, видимо, обнаружили подобную тенденцию и у оборотов с предлогом помимо (близком по значению к кроме).

Однако в настоящее время, как указывает полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006), различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. По этой причине сейчас нет смысла рекомендовать отражать на письме и различия в значениях оборотов с предлогом помимо (включение или исключение). Но важно разграничить употребление помимо в этих значениях и в значении 'не принимая во внимание что-либо, вопреки чему-либо', что и сделано в нашем справочнике.

Отношения производности (словообразовательной мотивации) предполагают связь между семантикой производного и производящего слов.

В «Большом толковом словаре русского языка» С. А. Кузнецова слово бисеринка определяется как уменьшительно-ласкательное к бисерина, значение которого связано со словом бисер. Следовательно, словообразовательная цепочка выглядит таким образом: бисер → бисерина (-ин- — суффикс со значением единичности, ср.: бус-ин-а) → бисеринка (-к- — уменьшительно-ласкательный суффикс, ср.: птич-к-а). Ср.: бус-ы → бусина → бусинка. Таким образом, в словах типа бисер-ин-к-а выделяются два суффикса: суффикс единичности -ин- из производящего слова и уменьшительно-ласкательный суффикс -к-.

Расхождения в анализе морфемного состава слов типа бисеринка обычно возникают потому, что, кроме суффикса -ин- со значением единичности, есть суффикс -инк- с похожим, но не идентичным значением.

Суффикс единичности -ин- используется в трех моделях. Если производящим словом является собирательное существительное, слова с суффиксом -ин- обозначают одну частицу из совокупности: бисер-ин-а, горош-ин-а, виноград-ин-а, солом-ин-а и т. п. От вещественных существительных при помощи суффикса -ин- образуются слова, обозначающие один кусок этого вещества: льд-ин-а, холст-ин-а, рогож-ин-а и т. п. Слова, производные от названий парных предметов, называют одну из одинаковых частей этих предметов: лыж-ин-а, штан-ин-а, брюч-ин-а и т. п.

Существительные с суффиксом -инк- имеют значение ‘одна маленькая частица того, что названо собирательным существительным, обозначающим однородную массу’: икр-инк-а, пыл-инк-а, рос-инк-а и т. п. Бисер не обязательно однороден, а значение ‘очень мелкие, маленькие (бусинки)’ заложено в его корне, дублировать его в суффиксе нет необходимости. Поэтому выделять суффикс -инк- в данном значении в слове бисеринка некорректно.

Кроме того, существует уменьшительно-ласкательный суффикс -инк-, который встречается в незначительном количестве слов, например: троп-инк-а (← тропа), заноз-инк-а (← заноза) и т. п. Однако в этой модели производящие существительные не являются собирательными или вещественными, и отсутствует ступень с образованием существительного со значением единичности (нет слов *тропина, *занозина). Поэтому в них выделяется -инк- с уменьшительно-ласкательным значением, а в слове бисеринка уменьшительно-ласкательным является суффикс -к-.

В вопросах орфографии следует руководствоваться рекомендациями орфографических словарей и справочников, а не толковых словарей. Верно написание с одним Н.

По рекомендации орфографического словаря: диакониса. По аналогии: канониса.

Словарная рекомендация: повторённый; кр. ф. -ён, -ена и повторенный; кр. ф. -ен, -ена.

Русское словесное ударение

Орфографический словарь

В слове завалинка -ин-, -к- – суффиксы. Гласную в суффиксе -ин- нельзя проверить, подобрав однокоренное к завалинка слово.

Верно:

изнеможённый; кр. ф.  -ён, -ена и (выражающий изнеможение) -ён, -ённа

измождённый; кр. ф.  -ён, -ена и (выражающий измождение) -ён, -ённа (её лицо измождённо)

Словари рекомендуют различать:

Русское словесное ударение