Оба словаря достойны самого пристального читательского внимания, в чем лишний раз убеждает Ваше наблюдение. М. М. Пришвин пишет в повести «Серая сова»: «У бобров были характеры если не сложные, то очень противоречивые, с резко выраженными индивидуальными особенностями». Предполагаем, что в случае с вариантами бобр и бобер могут себя обнаруживать еще и действительные, природные предпосылки.

Слова на кибер… в «Русском орфографическом словаре» и других современных словарях даны в слитном написании. Разница в рекомендациях с «Современным словарем иностранных слов» объясняется тем, что последний был издан в начале 1990-х годов, когда такие слова только появлялись и написания их еще не устоялись. Так что в целях унификации лучше писать такие слова слитно. 

Трудно сказать, насколько редакции необходим синтаксический справочник. Минимальный набор для повседневной работы: Русский орфографический словарь РАН, словарь-справочник "Грамматическая правильность русской речи", Справочник издателя и автора А. Э. Мильчина, Толковый словарь русского языка С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой, Правила русской орфографии и пунктуации: Полный академический справочник. Специализированных словарей сочетаемости сегодня не много, можем рекомендовать словарь под ред. проф. В. В. Морковкина.

Тормозок – набор продуктов на работу, в дорогу; на транспорте и предприятиях, где невозможно или сложно организовать регулярное питание в столовой. Словари русского литературного языка это слово не фиксируют, что позволяет сделать вывод о его употребительности лишь в разговорной речи и жаргонах.

Возможно, сейчас тормозок связан с глаголом тормозить - метафорически "остановиться, чтобы перекусить". Однако жаргонные словари возводят это слово к уголовному жаргону, где тормозок - "вещевой мешок" (буквально: ноша, которая тянет, затормаживает).

Данная ситуация правилами не описана. Нужно пользоваться привычными для читателя средствами, чтобы текст был понятен. Набор курсивом — неудачное решение. Качество звука нужно описать лексическими средствами, а диалог оформить традиционным способом.

— Алло, это ты, что ли?

— Ага, кто же ещё, — потрескивающим из-за плохой связи голосом сказал Гена.

— И где ты?

— А, ну это, — неуверенно начал он, — в Москве, ясное дело.

— Чего?

— Ну, в Москве. — Гене явно было немного неловко. — А я не говорил разве?

Правила о приведенной Вами модели нет, но есть набор корректирующих правил, которые регулируют похожие случаи. В соответствии с принципами, лежащими в основе данных правил, корректно написание с двумя дефисами, например: юго-западно-даргинский (язык), юго-восточно-азиатский (театр военных действий). В если прилагательное такой модели войдет в состав географического названия, то все его части нужно будет написать с прописной буквы. О найденной Вами лакуне в правилах мы сообщили в отдел культуры русской речи Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, где сейчас ведется работа над полным академическим описанием русской орфографии.

В правилах недостаточно разъяснений о том, от чего в подобных предложениях зависит выбор двоеточия и тире. На наш взгляд, тире нужно ставить в том случае, если главную информацию передают однородные компоненты, на них падает логическое ударение. Двоеточие нужно поставить, если главное в предложении то, сколько было предметов, логическое ударение падает на словосочетание с количественным значением. Информация о том, какие были предметы, второстепенная, дополнительная. 

Более вероятна такая расстановка знаков:

Открытие произошло на стыке двух наук — математики и физики.

В набор входит три карандаша: синий, красный и зеленый.

В задании сказано вставить предлог (а не предлог с существительным), поэтому вариант в годы не подходит под это условие. А в течение подходит.

Склонять слово борго (и ставить в форму мн. ч.) не следует.