Оба варианта возможны. Выбор каждого из них может иметь несколько обоснований: смысловых, грамматических, стилистических. Например, ждали некое абстрактное чудо, но его не произошло: чуда не случилось. В другой ситуации не дождались конкретного позитивного результата: чудо не случилось. Гипотетическое рассуждение в рамках «если» допускает, как представляется, абстрактное и конкретное понимание чуда.

Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.

В рукописных текстах в качестве основных кавычек, как правило, используются кавычки-лапки. Особых правил для рукописных текстов при использовании в них кавычек внутри кавычек нет. Согласно общим рекомендациям в подобных случаях следует применять кавычки разного рисунка. Нежелательно использование рядом стоящих кавычек одного рисунка. См. подробнее в «Письмовнике» и в этой статье.

Эти предлоги используются в значении "по отношению к кому-, чему-л., в отношении кого-, чего-л.", причем касательно характеризуется словарями как книжное, официальное слово. 

Корректно: 5–7-й классы; для 10–11-х классов; пяти-, шестиклассники.

Да, конечно, это право редакции - приводить тексты к нормативному виду.

Можно перефразировать: по команде каждый из трехсот пятидесяти молодых лейтенантов... и дальше в ед. числе.

Извините за задержку!

Отдышка (с буквой Т) - то же, что отдых.

Название Мууга предпочтительно не склонять.

Корректно (о времени): во сколько, до скОльких, к скОльким.

Пунктуация в четверостишии верна. Беспредложное управление возможно, равно как и предложное. Если скрипач – обращение, его необходимо выделить запятыми.