Интересное замечание, спасибо! Очевидно, вопрос требует более последовательного изложения, нежели в имеющихся справочниках по пунктуации. Пока же можно рекомендовать придерживаться разных стратегий при расстановке знаков препинания при вводных словах в  сложноподчиненных и сложносочиненных предложениях — в соответствии с формулировками двух названных справочников. 

Эти имена появились в русском языке тогда, когда буква Э после согласных употреблялась на письме очень ограниченно. Список слов, писавшихся с буквой Э в 1950-е гг., есть в "Правилах русской орфографии и пунктуации". Сегодня, конечно же, таких слов гораздо больше. 

Представляется более правильной формулировка, приведенная в словаре Ожегова: «минуя кого-что, в знач. предлога с вин. п. Исключая кого-что-н., не прибегая к кому-чему-н., не касаясь кого-чего-н. Действовать минуя руководителя»  (см., например, 22-е издание словаря, М., 1990). Правда, есть издания, где слово минуя, как и в справочнике, о котором Вы говорите, напрямую записано в предлоги, например «Словарь наречий и служебных слов русского языка» В. В. Бурцевой (М., 2005). В этом словаре к предлогу минуя даны два примера: Договорился о поставках минуя начальство. Минуя огромное здание, подошли к маленькому домику. Но если с первым примером еще можно согласиться, то именование слова минуя предлогом во втором примере, на наш взгляд, авторская фантазия, здесь обычный деепричастный оборот.

Таким образом, мы бы сказали, что слово минуя может употребляться в значении предлога в некоторых (немногих) контекстах. Обращает на себя внимание, что из словаря в словарь кочует, в общем-то, один и тот же пример (с незначительными вариациями).

Обе части сложного слова склоняются, если речь идет о файле, который используется в качестве ключа. Если же речь о ключе к файлу (файловом ключе), то склонять нужно только вторую часть слова.

Не обязательно. Это могут быть все люди, в жизни которых 90-е годы были значимы. Лучше все же уточнять, что имеется в виду, например: молодежь 90-х, школьники 90-х, бизнесмены 90-х и др.

Постановка запятой не требуется при употреблении в значении "и все же" или "и притом", однако при интонационном выделении слов "и опять-таки" (при употреблении в значении "возвращаясь к предыдущему высказыванию") запятая ставится.

А зачем здесь вообще употреблять слово контингент? Это книжное слово, оно выглядит инородным в приведенном Вами тексте (к тому же в сочетании с существительным список). Достатчно: о списке работников, подлежащих медосмотру.

Согласно словарям, стопа – 'нижняя часть ноги, от щиколотки вниз'; слово ступня употребляется в этом же значении, а кроме того, может употребляться в значении 'нижняя поверхность стопы; подошва'.

Вы написали верно: аквапилинг.