Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать. 

Правописание надо проверять не по грамматическим, а по орфографическим справочникам. Справочник «Управление» предназначен для решения вопросов, связанных с выбором грамматических форм и предлогов. Написание Первый интернационал фиксирует словарь В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?».

Спасибо за вопрос с развернутой "историей". Нужно заметить, что в оценке произносительных вариантов Н. А. Еськова в целом следует за Орфоэпическим словарем под ред. Р. И. Аванесова.

Категория одушевленности выражается не так. Одушевленные существительные имеют совпадающие окончания множественного числа винительного и родительного падежей, а для существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения это распространяется и на единственное число. Ср.: вижу мальчиков — нет мальчиков, вижу мальчика — нет мальчика. Винительный падеж совпадает с родительным.

Неодушевленные существительные имеют совпадающие окончания множественного числа винительного и именительного падежей, а для существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения это распространяется и на единственное число. Ср.: вижу ковры — старинные ковры, вижу ковёр — старинный ковёр. Винительный падеж совпадает с именительным.

Конференция — неодушевленное существительное, во множественном числе винительный падеж совпадает с именительным (ненавижу конференции), всё логично.

Дело в том, что Вы отделяете не иероглифы в русской транскрипции, а фактически основу слова от окончания. Это не соответствует нормам правописания.

В инфинитивах, оканчивающихся на -ть, буква ь выполняет функцию показателя мягкости согласного, а в инфинитивах, оканчивающихся на -чь, — функцию грамматического показателя.