Правильно: по окончании (в значении "после чего-либо").
Верно: цех по переработке и складированию.
Корректно: Проект разработан по чертежу, предоставленному заказчиком.
В Бабьем Яре — рекомендация «Словаря собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко. На практике употребляются оба варианта, в том числе в художественной литературе и публицистике (но в романе Анатолия Кузнецова используется вариант в Бабьем Яре).
Верно: по штукатурным, малярным работам. Второй вариант встречается только в очень непринужденной разговорной речи.
Не вполне ясно, что имеется в виду под словами у нас открыт фронт работ. Возможно, предложение следует перестроить.
Правильно: Руководителю Агентства по гидротехническим сооружениям Приморского края.
Правильно: ...оборудования какого? — расположенного.
Выражение как по команде, выполняющее фукнцию обстоятельства образа действия, фразеологическое, оно синонимично наречию разом и само по себе не требует обособления. Находясь в конечной позиции, оно, как и любой другой второстепенный член, может приобретать характер присоединительной конструкции; смысловым центром предложения в этом случае будут сказуемые обернулись и поклонились, а обстоятельство как по команде будет нести добавочную информацию. Такие конструкции отделяются тире: Ребята обернулись и поклонились — как по команде.
Верно: по вопросам, связанным с...
Возможны оба варианта, но предпочтительным пока следует считать вариант скучаем по вас.
Скучаю (а также грущу, тоскую и т. п.) по вас – старая норма; по вам – новая. Прежние лингвистические издания рекомендовали как нормативные только скучать по вас, по нас. Сегодня эти варианты конкурируют, что находит отражение и в справочниках. Так, «Русская грамматика» (М., 1980) формы скучать по вам и скучать по вас рассматривает как вариативные.
В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» указано, что с существительными и местоимениями 3-го лица правильно: скучать по кому-чему, например: скучать по сыну, скучать по нему. Но с личными местоимениями 1-го и 2-го лица мн. числа правильно: скучать по ком, например: скучали по нас, скучаем по вас.
А вот вариант скучать за кем-либо не является нормативным, выходит за рамки русского литературного языка.