У автора (Евгения Водолазкина) в тексте – с прописной. Однако в этой ситуации возможно двоякое понимание текста пишущим и, следовательно, двоякое написание. Поэтому Экспертная комиссия Тотального диктанта приняла решение считать допустимыми оба варианта – с прописной и строчной буквы. Ни один из них не будет засчитываться за ошибку.

Запятая не ставится ни до, ни после союза и, т. к. союз соединяет однородные придаточные предложения.

Правильнее будет разделить определения запятыми как однородные.

Это не подлежащее, а бывшее подлежащее. Подлежащим оно является в утвердительном (исходном) варианте предложения: Под потолком был (находился, имелся, висел...) абажур. В результате введения в предложение отрицания оно превращается в безличное, главным членом которого остается бытийный глагол, а подлежащее принимает форму родительного падежа и перестаёт быть подлежащим, потому что подлежащих в Р. п. традиционной грамматикой не предусмотрено. Самая корректная квалификация этого члена предложения — именно бывшее подлежащее. Дополнением считать его нельзя, потому что дополнений, которые при изъятии отрицания превращаются в подлежащие, не бывает.

Никакого, конечно, является определением.

Это просторечие.

Можно сказать: мясо курицы, мясо коровы, мясо свиньи. Но зачем?

Лучше поставить вместо тире скобки: Жвачные животные, используемые в сельском хозяйстве (не только коровы, но также овцы, козы, верблюды, свиньи и лошади), ежегодно выпускают в атмосферу почти треть всех антропогенных метановых выбросов.

В письменной речи такие предложения нежелательны. Нужно не расставлять в них знаки, а перестроить их. Возможны разные варианты, например:

Существует вещество, которое очищает воздух. 

Существует вещество, которое добавляют в воздух, в результате чего он очищается.

Если непременно нужно записать приведенные Вами разговорные фразы без изменений, то лучше перед союзами и поставить вместо запятых тире.