2. Правильно: в пункте 3.2.1 (без точки).
Выражение они отчаялись в победе (то есть потеряли надежду на победу) вполне допустимо.
Название праздника - Новый год. Но: Наступающий новый, 2009 год дарит надежды на преодоление финансового кризиса.
Лексически правильно: высокая криптостойкость или высокая надежность криптографического алгоритма.
Мужские фамилии, оканчивающиеся на согласную, склоняются (паспорт Петра Семенича). Женские фамилии, оканчивающиеся на согласную, не склоняются (к Надежде Семенич).
Верно: сумерек (некоторые словари указывают как допустимую форму сумерок); простынь и простыней.
Корректно: джинсов, шорт и шортов.
Правильно: нет комментариев.
Верно: Кофеин тонизирует и придает жизненной энергии.
Такая форма существует: мечт. Но, поскольку она малоупотребительна, вместо нее используют р. п. слова мечтание - мечтаний.