Корректно: ...учреждению Великого Новгорода. В канцелярской речи: ...города Великого Новгорода.
Корректно: мэр Москвы, мэр города Москвы.
Правильно: из города Москвы. См. «горячий вопрос» номер три.
В образцовой литературной речи названия городов склоняются в сочетании со словом город: лицей города Лобни. Но в официальных документах название должно указываться в соответствии с тем, как оно зарегистрировано.
См. в «Письмовнике».
В названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Если это официальное название музея, то корректно писать слово музей с большой буквы: Музей Московского вертолетного завода им. Миля.
Единства в словарных рекомендациях нет. Согласно словарю Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) Нягань – слово женского рода. Надо признать, что вариант (из) Нягани встречается гораздо чаще, нежели вариант (из) Няганя.
Слова с первой частью пол- (полчаса, полгода и др.) обычно требуют постановки сказуемого в форму единственного числа: полчаса прошло, полгорода замерзло.
Второй вариант лучше, поскольку он устраняет названную Вами неоднозначность фразы.
