«Как слышится, так и пишется» – такой принцип построения орфографии называется фонетическим. На нем построены орфографические системы некоторых языков, например белорусского (но не во всех случаях) или грузинского.

В основу орфографии русского языка положен иной принцип – фонемный (его еще называют фонематическим и морфологическим). Суть его заключается в следующем: каждая морфема (корень, приставка, суффикс) пишется по возможности одинаково, несмотря на то что ее произношение в разных позиционных условиях может быть разным. Мы произносим [дуп], но пишем дуб, т. к. в этом слове тот же корень, что и в слове дубы; произносим [з]делать, но пишем сделать, т. к. в этом слове та же приставка, что и в слове спрыгнуть и т. п. Фонемному принципу отвечает 96 % написаний. И лишь 4 % – это разного рода исключения. В том числе – обусловленные действием фонетического принципа, например написание ы вместо и после приставок на твердый согласный: безыдейный (хотя идея), надындивидуальный (хотя индивидуальный). Вот здесь как раз и действует принцип «как слышится, так и пишется»: слышится ы – и пишется ы.

Правильно: в Брно, до Брно. Склонять это название нельзя. Несмотря на то что в чешском языке Брно склоняется, в русском оно выступает как несклоняемое существительное. (Однако названия чешских городков, содержащие слова u Brna, мы передаем так, как они звучат по-чешски: Славков-у-Брна, Вранов-у-Брна).

Да, по-русски правильно: Алма-Ата. Эта форма закрепилась в русском языке, несмотря на то что по сути своей она ошибочна. История названия города такова: в 1854 году в урочище Алматы (в переводе с казахского 'яблочное') заложено укрепление, первоначально названное Заилийское, но вскоре получившее название Верное; позднее город Верный. В 1921 г. городу было решено вернуть национальное название, но вместо правильной формы Алматы в качестве официальной ошибочно принята форма Алма-Ата, где алма 'яблоко', ата 'отец'. Сейчас в Казахстане название города употребляется в форме Алматы, но в русском языке по-прежнему используется форма Алма-Ата.

Насчет макулатуры - слишком категоричное утверждение. Но в данном конкретном случае рекомендация справочника ошибочна.

Несмотря на распространенность варианта щавель, нормативным он не является, единственно верный вариант: щавель. Массовость употребления – далеко не единственный критерий, необходимый для признания варианта нормативным.

Правильно: обвинять кого-либо в нарушении приказа; сделать что-либо в нарушение приказа (=несмотря на приказ).

Согласно грамматическим нормам русского языка фамилия Кривошапка склоняется – и мужская, и женская (несмотря на заявление самой спортсменки в интервью, отрывок из которого Вы приводите). Законы русской грамматики предписывают склонять все мужские и женские фамилии, оканчивающиеся на -а, -я, которым предшествует согласный. Единственное исключение – фамилии французского происхождения с ударением на последнем слоге типа Дюма, Золя.

Да, Вы правы. Ваххабит – правильно, ваххабист – нет.

Такое произношение неправильно. Несмотря на то что буква Ф называется [эф], в некоторых буквенных аббревиатурах, начинающихся с Ф, закрепилось произношение этой буквы как [фэ] (т. е. так, как Ф произносится в разговорной речи). Отчасти это объясняется артикуляционными законами, отчасти (как полагает известный лингвист  К. С. Горбачевич) – нашей «языковой ленью». К такого рода аббревиатурам относится и ФБР: единственно верный вариант произношения, зафиксированный в словарях (в том числе в словарях, адресованных работникам эфира), – [фэ-бэ-эр].

Словари фиксируют два варианта названия жителя Запорожья – запорожец и запорожанин. При этом предпочтительно (несмотря на омонимию с названием автомобиля) именно запорожец.