Грамматически правилен второй вариант. Если речь идет о договоре между учреждением и И. И. Ивановым, то вторая запятая не нужна, или, если предложение продолжается, она должна стоять после И. И.: Договор, заключенный учреждением с ИП Ивановым И. И., был передан...
Правилен второй вариант. О согласовании подобного типа подробнее можно прочитать в «Письмовнике».
Пробелы нужны: Е. В. Иванова.
Второй вариант лучше.
В документах используется существительное мужского рода.
При адресовании документа должностному лицу инициалы ставятся перед фамилией, при адресовании физическому лицу - после нее. Подробно см. здесь.
Верно: от Ивана Иванова, входящего в топ-100 предпринимателей.
Инициалы лучше поставить перед фамилией: А. В. Иванов. В остальном все верно.
Бенефициар, по данным СМИ, Иванов В.В.
