Запятая нужна. При этом само указание на номер и том уместно заключить в скобки, потому что в этом указании существительные не в предложном падеже, в отличие от словоформы в журнале: Документ опубликован в журнале «Вестник» (№ 1, том 2). Сравним вариант с уточняющими обстоятельствами: Документ опубликован в журнале «Вестник», в № 1, в томе 2.

Если в предложениях 1, 2 и 3 приведены мысли одного и того же лица, то следует устранить непоследовательность в пунктуационном оформлении: либо весь фрагмент (полностью, не по одному предложению) заключить в кавычки, либо оформить без кавычек, как несобственно-прямую речь.

Обратите внимание, что после прямой речи перед словами автора перед тире ставится запятая: «Это синдром Фримена ― Шелдона», ― наконец пишет кто-то в комментариях.

На наш взгляд, следует склонять: изготовлено по заказу ИП Иванова А. Н. В случае несклонения мы должны заключить фамилию и инициалы в кавычки: изготовлено по заказу ИП «Иванов А. Н.» (т. е. Иванов А. Н. фактически будет условным названием организации, выступающим в сочетании с родовым словом ср.: изготовлено по заказу ОАО «Газпром»), но вряд ли такое употребление кавычек оправданно.

В первых трех выражениях кавычки не нужны, хотя глагол завести заключить в кавычки можно, чтобы указать на стилистическую чуждость его контексту (глагол употреблен в разговорном значении).

Последний случай несколько сложнее. Если по контексту читателю будет понятно, в каком значении употреблено сочетание золотые перья, то кавычки не нужны. Если возникает двусмысленность, неясность, то лучше дополнить фразу, например, так: в редакции работали лауреаты конкурса «Золотое перо России».

Вы правы, язык стремится избегать не оправданных структурой слова удвоенных согласных, хотя на первом этапе вхождения иностранного слова, вариант более близкий к источнику, может распространяться. Если слово закрепится в языке, а не исчезнет из обихода из-за прихоти моды, то хотелось бы закрепить его в написании с одним г. Однако есть один фактор, который может повлечь за собой сохранение двойной согласной — наличие в языке родственного слова джоггинг.

Непростой вопрос. Разговорный характер слова иначе, употребляемого в качетстве союза, был отмечен как в словаре под редакцией Д. Н. Ушакова (1930-е), в словаре С. И. Ожегова (1950-е), так и в словаре С. А. Кузнецова. Однако в "Большом универсальном словаре русского языка" В. В. Морковкина, Г. Ф. Богачевой, Н. М. Луцкой (2015) подобной пометы нет, из чего можно заключить, что союз иначе оценивается как вполне нормативный. 

Да, пару курица – кура нередко приводят как пример одного из наиболее известных различий речи москвичей и петербуржцев (наряду с бордюром / поребриком и шаурмой / шавермой). Тем не менее литературной норме (кодифицированной словарями) соответствует только курица. Употребление кура в единственном числе возникло, по всей вероятности, из-за формы множественного числа: в именительном падеже мн. числа нормативно только куры (не курицы). Носитель языка может заключить: если во мн. числе – куры, то в ед. числе – кура.

ГОСТ Р 7.0.5-2008 определяет, что внутритекстовая ссылка может содержать не все, а лишь некоторые компоненты библиографического описания, поэтому желание заключить в скобки только выходные данные издания вполне осуществимо. Если же хочется привести библиографическое описание полностью, то предлагаем следующий вариант оформления: Согласно действующим нормативным рекомендациям (Методические рекомендации по применению ГОСТ Р 7.0.97-2016 «Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Организационно-распорядительная документация. Требования к оформлению документов» / Росархив, ВНИИДАД. М., 2018. 91 с.) следует…

Хотя внутреннюю речь, невысказанные мысли можно передавать без кавычек (тем самым образуется несобственно-прямая речь), в приведенном примере без кавычек непонятно, что начальная фраза фрагмента — это мысли Влада, а не автора. Для однозначного понимания рекомендуем всё же заключить ее в кавычки; кроме того, рекомендуем отредактировать вторую часть фрагмента, чтобы показать, что фраза представляет собой пример странных мыслей Влада: «Количество переходит в качество всегда и везде, и в любви» — такие странные мысли иногда посещали Влада.