Разницы в значении нет, запятая не нужна. Но автор текста в принципе имеет право поставить запятую, если под словами "вообще-то" он подразумевает "вообще говоря". На практике в этом случае запятая обычно не ставится.

Обе позиции имеют право на существование. Лингвистика – это наука, в ней, как и в любой другой науке, существуют до конца не решенные вопросы, присутствуют разные точки зрения, ведутся острые дискуссии по некоторым вопросам.

Обстоятельственные обороты с предлогом на протяжении обычно не обособляются. Также этот оборот не имеет характера добавочных сведений, сообщаемых попутно, поэтому его нельзя рассматривать как присоединительный член предложения. Следовательно, для постановки запятых нет оснований.

Ссылаться нужно не на правило, а на словари. В тех случаях, когда существительные второго склонения имеют в форме именительного падежа множественного числа ударное окончание -А, это обычно указывается в лингвистических словарях. См. здесь.

Если ударение в имени падает на последний слог, правильно: Алие. Личные имена восточного и иного происхождения, оканчивающиеся на ударное Я, имеют в дательном падеже окончание Е: Зульфия – к Зульфие, Алия - к Алие.

Определительный оборот (в т. ч. причастный), стоящий после определительных местоимений (а все – определительное местоимение), обычно тесно примыкает к ним и запятой не отделяется. Запятые ставятся, только если оборот имеет характер пояснения или уточнения.

В данном случае оборот с союзом как имеет значение сравнения и даже может быть развернут в придаточное предложение: Сложите губы в трубочку, как [их складывают] для свистка, и... Соответственно, его нужно выделить запятыми.

Судя по всему, видовая терраса под тканевым навесом и беседка-ротонда — это разные предметы, а потому союз или в приведенном предложении имеет разделительное (не пояснительное) значение. В таком случае запятая перед ним ошибочна.