Ответить по существу вопроса, ответить по существу на вопросы — эти фразы, как и обороты типа рассмотреть / принять решение по существу вопроса, употребляются в официально-деловой речи, в частности в речи юристов. Если текст не «украшать» канцеляризмами, то вполне ясно выразить просьбу можно при помощи предложения Просим ответить на заданные вопросы.
Любые конкретные сведения о современной технике и ее управлении — это сфера знания профильных специалистов. Рекомендуем Ваш вопрос адресовать именно специалистам.
Основным принципом русской пунктуации является грамматический (формально-грамматический, синтаксический, структурный). Это значит, что знаки препинания в первую очередь отражают синтаксическую структуру высказывания. Интонационный принцип, согласно которому учитывается наличие в речи пауз, подчинен грамматическому: он может быть реализован в тех случаях, когда не противоречит основному. Если в обсуждаемом высказывании требуется подчеркнуть наличие паузы, его следует разбить на два самостоятельных предложения: Она дура? Или притворяется?
Примеров, точно соответствующих вашему, в справочниках нет. Также нет и разъяснений, что следует в пунктуации понимать под общим второстепенным членом. Не вызывает сомнений, что общим второстепенным членом может быть обстоятельство, которое относится ко всему составу предложения, распространяет его в целом. Но может ли общим второстепенным членом быть определение, которое относится к слову? Один из примеров, который приводит Д. Э. Розенталь, показывает, что все-таки может: Губы Кати не улыбались и тёмные глаза выражали недоумение (Т.). В этом предложении есть второстепенный член, который указывает на принадлежность: губы Кати, глаза Кати. Полагаем, что это дает нам основания считать, что запятая в вашем предложении тоже не нужна. Отсутствие запятой коммуникативно значимо: оно подсказывает читателю, что части связаны каким-то общим компонентом.
2. Не совсем понятна логика вопроса: Вы спрашиваете про то есть, а пример приводите со словами в том числе. Рекомендации ставить двоеточие после слов в том числе нет ни у Розенталя, ни в новом справочнике. Таким образом, приведенный Вами пример написан правильно. Что касается слов то есть, то, действительно, в новом справочнике они не указаны при перечислении уточняющих слов (при обобщающих словах), после которых ставится двоеточие. Мы постараемся уточнить этот вопрос у авторов справочника.
3. Корректно: И со словами «Я покидаю этот фарс» под аплодисменты зала удалился. Если прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, то она заключается в кавычки, знаки же препинания ставятся по условиям авторского предложения.
Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.
Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.
Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
В значении 'объяснение, оправдание какого-л. действия' корректно: мотивация чего-л. Значения 'побуждать к чему-л.' у глагола мотивировать (мотивация < мотивировать) не зафиксировано.
Правила Вы можете посмотреть в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина.
В приведенных Вами предложениях знаки нужно расставить следующим образом.
1. И хотя было уже поздно, я решил остаться. И когда взошло солнце, никто уже не спал. В начале предложения между союзом и и подчинительным союзом запятая не ставится.
2. Они побежали и, если бы не свет от фонаря, точно растянулись бы на земле. Перед и запятая не нужна, так как союз соединяет однородные сказуемые; после и запятая нужна, так как придаточную часть можно переставить в другую часть предложения, что связано с отсутствием второй части союза если... то.
Сочетания с частицей -то, примыкающей к предшествующим словам, пишутся через дефис: в этом-то, решил-то, фильм-то.
