Дух ― это общеславянское существительное, имеющее тот же корень, что и глаголы дышать, дохнуть. Первоначально слово означало ‘дыхание’, ‘воздух’ (см. «Школьный этимологический словарь русского языка» Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой). Так что душ- (алломорфы дух- /душ- /дох-) в слове душный ― это этимологический корень.

Словарь А. Н. Тихонова отражает словообразовательные связи слов в современном языке. По мнению автора, слово душный утратило семантические связи с корнем душ- /дыш-/дох-, а основа душн- стала непроизводной. В словообразовательных словарях непроизводные основы рассматриваются как нечленимые.

Словарь А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой представляет результаты собственно морфемного анализа, при котором учитывается формо- и словообразовательная структура слова, а также членение по аналогии. Суффикс -н-, с помощью которого от существительных образуются относительные прилагательные, вычленяется по аналогии, ср.: воздуш-н-ый, хлеб-н-ый, вод-н-ый, лес-н-ой, морков-н-ый и т. п.

Кроме того, вопрос об утрате семантической связи слова душный с корнем дух- /душ- /дыш-/дох- является спорным, так как современные словари дают следующее толкование этого слова: ‘со спёртым, несвежим воздухом, затрудняющим дыхание (о помещении)’, см. «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова: https://gramota.ru/poisk?query=душный&mode=slovari&dicts[]=42.

Правильно с запятой: Уважаемый Иван Иванович, направляем Вам... Слово коммерческое пишется с двумя М.

Запятые не нужны. Имя ученика не несет на себе пояснительного оттенка значения, при котором оно должно обособляться. Ср. с примером из свода «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» (под ред. В. В. Лопатина. М., 2006): Четвертой бригады дежурный бригадир Зырянский дежурство по колонне принял.

В просторечии формы 3-го лица множественного числа и формы множественного числа прошедшего времени могут употребляться вместо форм единственного числа для выражения уважительного или подобострастного отношения, почтительности. Но в литературном языке правильно только: Иван Иванович просил передать...

На этот вопрос может ответить только носитель фамилии. Именно он определяет, как ведет себя ударение в фамилии.

Знаки препинания расставлены верно. Нам не удалось найти правила, которое запрещало бы ставить запятую после цитат и чужих слов, включенных в состав предложения.

Громко кивнуть вряд ли получится, но можно что-то говорить и при этом кивнуть головой.

Ударение остается на первом слоге. Правильно: опухолей.