Да, кавычки нужны: кофе "три в одном".
При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре (а также от составных числительных, оканчивающихся на указанные цифры), определение, находящееся между числительным и существительным, в современном языке ставится, как правило, в форме именительного падежа множественного числа.
Верно: существует три крупные ассоциации.
Фраза означает, что реальное число ответов больше, чем названо. Согласны, что лучше было бы указывать точное число.
См. ответ 259660.
Корректно: стодевяностотысячный (ср.: девяностолетний).
Запятую ставить не надо.
Верно, запятая не нужна.
Нет, слово заяц в значении «безбилетник» не требуется заключать в кавычки. Это значение давно уже не является новым, непривычным.