Действительно, ботаник и академик РАН — неоднородные приложения.
На Ваш вопрос мы попросили ответить Ольгу Евгеньевну Иванову, ведущего научного сотрудника Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, одного из разработчиков «Академоса». Вот что написала нам Ольга Евгеньевна:
Проблема здесь – различение наречия (пишется отдельно от второй части) и первой части сложного прилагательного. Этот вопрос до сих пор не решен, потому что нет никаких очевидных формальных признаков, по которым можно четко разграничить сложное прилагательное с «первой наречной частью» и словосочетание наречия с прилагательным (в том числе отпричастным). Данный материал во всем его необозримом объеме является словарным, то есть определяется не правилом (формально-то оно есть: наречие пишется отдельно), а по словарю, при этом написание в словаре отдельных слов/словосочетаний нередко индивидуально и устанавливается на основании многих критериев.
Так, очень важный критерий для выявления наречия – оно указывает на актант качественного или отпричастного прилагательного (на объект или субъект глагольной группы): архитектурно выверенный проект – в проекте выверена архитектура, архитектурная составляющая (объект). У нас: индивидуально-ориентированный, предметно-ориентированный, комплексно-ориентированный и системно-ориентированный – по данному критерию это тоже наречия, предшествующие отпричастному прилагательному (ориентированный на индивидуальное восприятие, обучение, на учебный предмет, на целую группу предметов, явлений, процессов, на систему или системность чего-либо). Но здесь вступает в действие другой критерий, а именно терминологичность данных сочетаний и, соответственно, закрепленность их употребления и написания в определенной сфере (здесь: образование, педагогика, методика обучения), где они пишутся – с подавляющим преимуществом – дефисно.
Этот второй критерий – терминологичность – делает данные сочетания исключениями из раздельного написания. Кроме того, из сферы раздельного написания, которое можно было бы предположить, данные слова выводит также отсутствие в текстах актуализаторов собственно наречного значения для первой части (указание на степень проявления качества: нельзя сказать *очень, сильно, глубоко, интенсивно индивидуально-ориентированное обучение, системно-ориентированное проектирование, комплексно-ориентированная модель) и отсутствие глагольных признаков времени, места, протяженности, актуальности действия или представления о деятеле, субъекте действия, наличия дополнения для второй отпричастной части. Поэтому данные единицы и были включены в словарь в дефисном написании, исходя из всех этих соображений и при учете реального функционирования в современных текстах.
Добавим, что подробно об этой проблеме написано в работе Е. В. Бешенковой и О. Е. Ивановой «Теория и практика нормирования русского письма», опубликованной на сайте Орфографической комиссии: https://www.ruslang.ru/doc/ortho/BeshenkovaIvanova-2016-normpisma.pdf (стр. 190–210).
Если заголовок набран полностью прописными буквами, тогда нет оснований, чтобы переходить на строчную букву при графическом сокращении слова.
Верно: кукол.
Указанная запятая нужна. Обратите внимание, что из предложения следует убрать либо слово отечественный, либо аббревиатуру РФ, поскольку они дублируют друг друга по смыслу.
Вы правы, следует писать с дефисом: система-инициатор.
Существительные с приставкой пере- обозначают повторность действия или явления, названного производящим словом: регистрация → перерегистрация, сев → пересев, выборы → перевыборы и т. п.
Существительные с приставкой без- (орфографически также бес-) обозначают противоположность того или тому, что названо производящим словом: действие → бездействие, порядок → беспорядок, участие → безучастие и т. п.
Существительные с приставкой противо- обозначают предмет, явление, действие, такое же, как и названное производящим словом, но противодействующее или противостоящее ему: действие → противодействие, течение → противотечение, вес → противовес и т. п.
Во всех случаях способ словообразования — префиксальный.
Глаголы перерегистрировать, бездействовать, противодействовать образованы суффиксальным способом от существительных перерегистрация, бездействие, противодействие.
Обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом, выделяется запятыми: Светофор, даже лежа на земле, все еще продолжал работать.
В приведенном примере отделять не нужно.
