Верно: Анатолием Бышовцем (если речь о футбольном тренере).

Это слово склоняется так же, как, например, слово санаторий. 30 стадиев – правильно.

Фамилия склоняется как слово санаторий: Нет Бородия, к Бородию, с Бородием, о Бородии.

Словари фиксируют только прилагательное анатомический как производное от сущ. анатомия. А стелька должна быть, кажется, ортопедической, не так ли?

Нет, неверно. В интересующей Вас конструкции существительное заезд может употребляться в значении "приезд в санаторий, в дом отдыха и т. п. новой группы отдыхающих". Корректно, например, так: Группу, заезжающую 21 июля, сопровождает морской биолог. 

Слово функционал следует использовать только как математический термин. В данном тексте его употребление нельзя признать корректным.

Ассоциации – личное дело спорщиков. Обратимся лучше к словарям!

Слово яичко вполне может употребляться как уменьшительное к сущ. яйцо; это первое и главное значение данного многозначного слова. А вот значение "помещающаяся в мошонке парная мужская половая железа" характеризуется словарями как "специализированное", то есть неосновное для всех носителей языка (неспециалистов в области анатомии).

В первых двух предложениях вместо тире и запятой следует поставить двоеточие: Я не сомневалась, что мне приснятся пораженные чумой города: когда я чем-то долго занималась, сны становились продолжением дневных занятий. Хорошо, что я защищен: не очень приятно ловить такие подарочки.

В третьем предложении запятая нужна: Нельзя утверждать, что уроки оказались бесполезными, – из них я вынес первые знания об анатомии.

Это разные случаи. Общий принцип: искажение цитаты не допускается, но если всё же в нее вносятся какие-либо изменения, то текст цитаты должен быть четко отделен от привнесенных элементов. В «Справочнике издателя и автора» говорится о том, что в цитате могут быть расшифрованы сокращения с обязательным использованием прямых или угловых скобок в качестве знака, обозначающего границы вмешательства в цитируемый текст. В случае, обсуждаемом в вопросе № 324680, цитируемый текст искажается без каких-либо указаний на этот факт, как и на границы искажения.

Мужская фамилия Шарий, как и все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, должна склоняться. Возможно адъективное склонение (по образцу прилагательных, как карий: Шарего, Шарему и т. д.) и субстантивное склонение (по образцу существительных, как санаторий: Шария, Шарию и т. д.). Тип склонения вправе выбрать носитель фамилии, т. е. здесь решение, как склонять фамилию, за Вашей семьей (но склонять надо обязательно).

Если в каких-то выданных ранее документах фамилия не склонялась, это означает, что документ содержит грамматическую ошибку, но от этого он не становится недействительным.