Логика здесь несколько иная. Несклоняемое приложение обычно ставится после словосочетаний. Именно поэтому корректно сочетание файловая система NTFS. Но при этом возможно: FTP-протокол.
См. о предлоге ВО ответ № 233445. Слова двор и дворец сочетаются как с ВО, так и с В: войти во двор, превратить в двор, явиться во дворец, бросить в дворец. Сочетания с СО: уехать со двора, начать осмотр с двора.
Знаками препинания предложение не исправить. Нужно перефразировать.
Требуется тире: По сообщениям, над районным центром — городом Нижний Ломов и прилегающей к нему сельской местностью ожидается гроза.
Что касается склонения названия, то справочники дают разные рекомендации. На практики названия из двух слов при употреблении с родовым словом город чаще не склоняются.
Указанные запятые не требуются. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».
Спасибо! Постараемся сделать работу над ошибками.
В краткой форме от нахмуренный вне зависимости от того, к какой части речи она относится, пишется одно н. См. академический орфографический словарь.
В этом предложении два одиночных тире выполняют одинаковую функцию, знаки препинания расставлены правильно.