Верно: стоимость изготовления одного дополнительного, 6-го (шестого) комплекта рабочей документации.

Для постановки запятой после скобок нет оснований. Вместо запятой после слова внимание лучше поставить двоеточие. Сочетание применение услуг лучше заменить на подключение услуг. Для того чтобы избежать повтора слова дополнительный, можно написать, например, оно проверяется еще раз:

Обратите внимание: после любых действий с объявлением (редактирование или подключение дополнительных услуг) оно проверяется еще раз.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

В зависимости от полного контекста возможно два варианта.

Если как можно заменить словами в качестве и дополнительного значения причины нет, то запятая не требуется.

Если есть дополнительное значение причины, то оборот с как нужно выделить запятыми, например: создание условий для успешного развития животноводства, как одной из главных составляющих в формировании продовольственной независимости, очень важно (= очень важно, так как это одна из главных составлящих...).

Приставка ПРИ- здесь имеет значение дополнительного действия: прикрасы - дополнительные украшения, добавочный вымысел.

Запятая нужна, так как это сложное предложение.

Оборот со словами по поручению не обособляется: По поручению руководителя книга «Сказки народов» издана дополнительным тиражом.

Правильно.