Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

На наш взгляд, здесь нет удачного варианта.

Сочетание вы единственная женщина из прежних друзей Анны, именно в таком пунктуационном оформлении, представляет собой двусоставное предложение с подлежащим вы и именным сказуемым единственная женщина. Однако, исходя из контекста фразы, более логичным будет считать, что в предложении пропущена запятая после второго вы, выделяющая приложение с пояснительным значением (единственная женщина из прежних друзей Анны), за которым следует вставная конструкция, выделенная парными тире: Если вы приехали к нам, вы, единственная женщина из прежних друзей Анны, — я не считаю княжну Варвару, — то я понимаю, что вы... Отметим, что более предпочителен другой вариант оформления, в котором более четко выделены логические части: Если вы приехали к нам — вы, единственная женщина из прежних друзей Анны (я не считаю княжну Варвару), — то я понимаю, что вы... 

Запятая не требуется: С учетом изложенного ЕС рассчитывает на взаимный позитивный подход...

Верно: рассчитывается, исходя из суммы закупки клиентов.

Глагол ливануть указан в современных словарях (с пометой разговорное). Глагола линуть в современных словарях нет (его можно найти только в словаре В. Даля). Таким образом, возможен только вариант дождь ливанул как из ведра (причем лишь в непринужденной разговорной речи). Общеупотребительный вариант: дождь полил как из ведра.

Такого смягчения не происходит.

Правильно: вывести отдел продаж из подчинения исполнительному директору.

В первом случае все равно что - сравнительный подчинительный союз, между его частями не ставится запятая; сравнение является частью грамматической основы простого предложения (сказуемым).

Во втором случае есть союз что, который соединяет части сложноподчиненного предложения, поэтому ставится запятая. 

Не очень понятно, для чего употреблены слова "из расчета". Лучше: Парень пообещал взять кредит и вернуть Борщевской деньги, требуемые ею на оплату штрафа, - один миллион семьсот тысяч рублей, - как потребовала она сама.