1. Правильно: ставить, поставить, класть, положить во главу угла. 2. См. в Словаре трудностей.
Для того чтобы посчитать количество слов, нужно определить "границы" языка, ведь кроме литературной (фиксируемой словарями) лексики существют: диалекты, жаргоны, авторские (окказиональные) слова, и, наконец, такие слова, которые говорящие образуют по регулярным словообразовательным моделям (например: пятидесятидвухкилометровый). Так что более-менее объективно "считать" слова можно только по словникам словарей литературного языка.
В значении "после окончания курса" верно: по окончании. Если сочетание употребляется в другом значении, то верен второй вариант.
См. ответ 250899.
Возможны оба варианта.
В таких случаях наречие пишется с двумя дефисами: по-нью-йоркски, по-нью-орлеански...
В значении "когда достигнет" верно: по достижении.
Корректно: по классу баяна.
Может быть, так: результаты эксперимента по белковому обмену?
Запятая ставится, если вводное слово похоже выделяется интонацией, то есть перед ним делается пауза. Если такой паузы нет, запятая не ставится.
