1. Запятые не нужны, так как союз или соединяет однородные дополнения источником и факторами, а союз либо — однородные придаточные части с грамматическими основами случаи объединены и преемственность имеется.

2. Запятая нужна, так как части сложносочиненного предложения не имеют объединяющего элемента (общего обстоятельства, придаточной части и т. п.).

3. Обстоятельственные обороты (в том числе с производным предлогом ввиду) в начале предложения не обособляются. Слово скорее здесь составляет часть сопоставительного союза а скорее и не требует выделения запятыми (слово скорее является вводным, если близко по значению к «вернее, лучше сказать» или выражает неуверенность автора в сообщаемом).

Написание каждого слова названия с большой буквы точно будет ошибкой: в названиях организаций с большой буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные. При этом названия учреждений, учебных заведений и т. п., а также отделов и частей учреждений и организаций, не являющиеся собственными именами, пишутся со строчной буквы, например: отдел кадров, кафедра иностранных языков и др.

Таким образом, выбор должен делаться из орфографически верных вариантов Кружок юных биологов Московского зоопарка (такое написание подчеркнет определенную самостоятельность организации) и кружок юных биологов Московского зоопарка (если кружок мыслится как часть Московского зоопарка). Второй вариант представляется более оправданным.

Союз между тем не выделяется запятыми подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

По всем примерам, связанным с обособлением деепричастий, см. соответствующую главу "Правил русской орфографии и пунктуации".

Частица -с представляет собой сокращение обращения сударь, государь. Очень интересно об этом написал Лев Васильевич Успенский в книге «Слово о словах» (см. главу «Печальная история штабс-капитана Словоерсова»).

Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа: Посылаю Вам три главы, очень важные и очень тщательно сделанные.

Корректно обособить поясняющее приложение: Поздравляем нашего коллегу, председателя Общественного совета Ивана Ивановича Иванова, с назначением на должность главы департамента... Обратите внимание, что название должности председатель пишется со строчной буквы.

Значения возвратных глаголов перечислены в пособии Е. И. Литневской (глава «Возвратность / невозвратность»). Форма извиняюсь в значении 'извините' не подходит ни к одному случаю, она является разговорной.

Запятая корректна: она закрывает придаточную часть что было перед глазами. Запятая перед тире ставится в том случае, если в этом месте заканчивается придаточная часть, обособленный оборот или вводное слово (сочетание).

Минфин России — вполне официальное сокращенное название ведомства, используемое на его официальном сайте. Во множественном числе, применительно к «собранию» аналогичных ведомств разных стран, уместно написание со строчной: главы минфинов.