Слова грамота и грамматика пишутся по-разному, потому что пришли в русский язык в разное время и разными путями. Грамота – это очень старое заимствование из греческого языка. В греческом было слово gramma, означавшее «письменный знак», «буква». У этого слова была форма множественного числа grammata – то есть «буквы», «письмо». Вот это форма и стала нашей грамотой: мы немного изменили греческое слово на свой лад. А слово грамматика пришло к нам намного позже, в XVIII веке, из латинского языка. Оно тоже, конечно же, восходит к греческим словам grammata, grammatike, но в латинском языке сохранились две буквы «м».

В современном русском языке у существительных муж. рода, заканчивающихся на согласный, в форме им. падежа мн. числа существует два вариантных окончания: ударное -а(-я) и безударное -ы(-и). Ср.: дома, города, учителя и столы, сады, кони, мячи. Некоторая часть слов испытывает колебания, т. е. употребляется и с одним, и с другим окончанием, что вызывает проблему выбора нормативного варианта. Например: договоры и договора, редакторы и редактора, инженеры и инженера (подробнее об этом можно прочитать в «Письмовнике»). Такая вариантность – результат соединения двух древних типов склонения в один. В древнерусском языке было шесть склонений, в современном русском языке – три.

Существительное печенье употребляется в значениях 'кондитерское изделие из испечённого теста, имеющее определённую форму и рельеф' (коробка печенья, производство печенья) и 'каждый отдельный кусочек такого изделия'. Во втором значении это слово, конечно, имеет формы множественного числа. Ср.: Потом пили чай с вареньем, с медом, с конфетами и с очень вкусными печеньями, которые таяли во рту. А. Чехов, Ионыч. В пятом часу их, освежённых и повеселевших, поили крепким душистым чаем с печеньями... И. Бунин, Господин из Сан-Франциско. Несмотря на протесты старушки, Вера заказала чай с целой россыпью мелких печений и вафель… Д. Рубина, На солнечной стороне улицы.

В данном предложении подлежащее – ряд показателей. В состав этого подлежащего входит существительное со значением неопределенного множества ряд, другие подобные слова – большинство, меньшинство, часть. Сказуемое с подлежащим, включающим такие слова, может согласовываться и в единственном числе, и во множественном (ср.: Ряд сотрудников отдела заявили, что они не согласны с позицией администрации). На выбор формы сказуемого влияют различные условия. В приведенном предложении предпочтительна форма ед. числа, т. к. слово показатель обозначает неодушевленный предмет. См. подробнее: Ю. А. Бельчиков «Практическая стилистика современного русского языка» (М., 2012), глава «Согласование сказуемого с подлежащим».  

Эти слова пишутся по-разному, потому что пришли в русский язык в разное время и разными путями. Грамота – очень старое заимствование из греческого языка. В греческом было слово «грамма», означавшее «письменный знак», «буква». У этого слова была форма множественного числа «граммата» – то есть «буквы». Вот это форма и стала нашей грамотой: мы немного изменили греческое слово на свой лад. А слово грамматика пришло в русский язык намного позже, в XVIII веке, из латинского. Оно тоже, конечно же, восходит к греческому «граммата», только в латинском языке сохранились две буквы «м».

Правильно: партия помидоров.

Существительных, вызывающих трудности в образовании формы родительного падежа мн. числа, довольно много, единого правила для всех подобных слов не существует. Но можно выявить такую закономерность. У существительных, обозначающих понятия, которые относятся к растительному миру (названия овощей, фруктов, плодов), литературной норме, как правило, соответствует окончание -ов: абрикосов, мандаринов, баклажанов, бананов, помидоров, томатов. Нулевое окончание у этих слов либо допустимо только в устной речи (взвесьте мне пару баклажан), либо недопустимо вовсе (невозможно: партия банан). И только у слова яблоко нормативно нулевое окончание: партия яблок (вариант яблоков – просторечие).

В литературных источниках 60-х годов ХХ века — публицистике, мемуарах, художественных произведениях — можно обнаружить свидетельства знакомства авторов или их героев с балканским блюдом чевапчичи. Можно найти это слово (с грамматической пометой «множественное число») и в сербохорватско-русских словарях. Этимологические разыскания ведут уже к персидскому языку, но и краткой исторической справки достаточно, чтобы не согласиться с Вашей версией происхождения названия блюда. В русском языке слово чевапчичи употребляется как существительное в форме множественного числа, склоняемое: вкусные чевапчичи, Сербия славится чевапчичами, порция знаменитых чевапчичей, угощать чевапчичами, десятка два чевапчичей.

Пример слова спагетти показывает варианты развития «грамматических» событий, какие могут происходить в жизни новых слов на -и, заимствуемых из итальянского языка теми, кто говорит и пишет по-русски. Неологизмы могут определяться как существительные среднего рода или как существительные в форме множественного числа, что выводит за рамки обсуждения родовых признаков. Есть еще один путь решения вопроса о родовой принадлежности двух обсуждаемых неологизмов — принять во внимание род опорного слова. В этом случае наглядным примером служит брокколи: это существительное женского рода, что предсказано его смысловой связью с опорным словом капуста.

Термин «наращение» используется в тех случаях, когда при слово- и формообразовании (словоизменении) в финальной части производной основы возникают изменения, которые невозможно описать, используя понятие «суффикс», так как возникающие отрезки не имеют значения. А суффиксы, как и все остальные морфемы, обязательно должны обладать значением.

Есть два возможных толкования интересующего вас явления:

1) Отрезок -ер- — это асемантическая вставка (интерфикс) между корнем и окончанием (не морфема!).

2) Пары мат’-/матер-, доч-/дочер — это варианты (алломорфы) одного корня, возникающие при изменении этих слов (при образовании форм числа и падежа).