Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

Если Вы напишете озеро Мертвое Море, Вы будете орфографически правы. Не спорим.

Верная пунктуация: При этом обратим внимание на то, что, если покупателю в установленные сроки необходимо приобретение определенного вида товаров и если цена договора на поставку товара не превышает 100 тыс. руб., у поставщика указанных товаров есть возможность...

Пробелы нужны, такое написание зафиксировано в "Русском орфографическом словаре" РАН. Пробелы ставятся между сокращенными словами.

От глаголов совершенного вида тоже образуются прилагательные. Они совпадают по форме со страдательными причастиями прошедшего времени. Классические примеры: воспитанный (от воспитать – что сделать?), избалованный (от избаловать – что сделать?). Краткие формы этих прилагательных пишутся с нн, краткие формы причастий – с н. Ср.: дети воспитаны бабушкой (краткое причастие) – у детей хорошие манеры, они воспитанны (краткое прилагательное); она избалована хорошими условиями (краткое причастие) – она капризна и избалованна (краткое прилагательное).

Сказанное относится и к прилагательному ограниченный. Его краткая форма пишется с нн, а краткая форма причастия ограниченный – с н. Ср.: количество товаров ограничено организатором акции (краткое причастие) – количество товаров ограниченно (= мало, краткое прилагательное); наши возможности ограниченны (= невелики, краткое прилагательное).

Нормативно склонение таких аббревиатур, которые давно существуют в языке и воспринимаются уже не как аббревиатуры, а как обычные имена существительные второго (по школьной грамматике) склонения: вуз, ссуз, загс (они и пишутся строчными буквами). Остальные же аббревиатуры на согласный склоняются в разговорной речи (работаю в МИДе), но на письме их склонять не следует (даже если речь идет о множественном числе).

Неясно, как предложение может быть "перегружено" запятыми, если они стоят в соответствии с правилами. Постановка знаков препинания не всегда совпадает с интонацией. Существует три принципа пунктуации: грамматический, смысловой и интонационный. Основным считается грамматический. Он предписывает ставить знаки в предложении в соответствии с его грамматическим строением.

Интересный вопрос. В Конституции Российской Федерации используется термин "вновь избранный Президент Российской Федерации". По отношению к президенту США устойчивого термина в русском языке нет, но в публицистике встречается: президент-элект, избранный президент и вновь избранный президент.

К слову барщина глагол переборщить отношения не имеет. Со словом борщ он, скорее всего, тоже не связан (хотя полностью исключить связь слов переборщить и борщ нельзя: в словаре В. И. Даля дается глагол борщить, который в южных диалектах означает 'лить через край, слишком много'). П. Я. Черных в «Историко-этимологическом словаре русского языка» указывает: «Что касается глаг. переборщить – перебарщивать, то это позднее неуклюжее новообразование, известное лишь с начала XX в., происходит, по-видимому, не от борщ, а... от переборка, ср. далее перебрать».

Что касается глагола несовершенного вида перебарщивать, то написание его через а не означает, что так же пишется глагол совершенного вида переборщить. Есть важное правило: гласную о в неударяемых корнях глаголов совершенного вида нельзя проверять формами несовершенного вида на -ывать, -ивать, ср.: опаздывать, но опоздать, раскраивать, но раскроить.