Действительно, второй вариант является наиболее употребительным в документации. Кавычки уместны и когда шифр отсутствует: направление подготовки "Ветеринарно-санитарная экспертиза".

Корректно: в 1990–2000-е годы.

Стол, столики, столовая – три разных слова. В задании требовалось изменить окончание слова стол, а не образовать новые слова. Изменила окончание только Аня (стол – столов), но и она не справилась с заданием, т. к. слово столов можно перенести только одним способом: сто-лов. Таким образом, Ваш сын ответил правильно: никто из ребят не справился с заданием.

Слово подкомитет пишется с маленькой буквы, если не стоит в начале предложения.

Дело не в словообразовании, а в графике. Все слова такого рода являются заимствованиями, и при "переводе" их на кириллическое написание используется принцип транслитирации, то есть побуквенной передачи слов одной графической системы средствами другой системы. Ср.: паранойя — греч. παράνοια; маракуйя — тупи mara kuya и т. п. Да, написание таких слов нарушает слоговой принцип графики, согласно которому гласные и согласные буквы пишутся и читаются с учетом соседних букв. Иначе говоря, в основе этого принципа лежит графический слог как единица чтения и письма: поэтому, например, мы пишем сарая (Р. п. ед. ч.), хотя в этом слове корень сарай (совпадающий с формой Им. п. ед. ч. существительного) и окончание -а. 

Написания типа паранойя, фойе, йогурт нарушают слоговой принцип графики, однако позволяют подчеркнуть иноязычную природу подобных слов. 

Для избежания неоднозначности нужно переставить слова местами: необходимо в срок до 17 сентября представить...

По основному правилу тире нужно, поскольку сказуемое выражено сочетанием существительного с числительным. Однако в специальной литературе в подобных случаях (при цифровом обозначении числительного) ставить тире не принято.

Указанная запятая нужна. После в стране следует поставить тире.

В подобной конструкции причастие может быть употреблено в соответствии с грамматическим принципом, предполагающим форму единственного числа при соединении с количественным числительным, завершающимся словом один (одна, одно). Между тем большое количество акций логически противоречит грамматической форме единственного числа и склоняет к выбору формы множественного числа причастия. Можно ли считать бесспорным выбор формы числа причастия и в первом, и во втором случае? На наш взгляд, нет. Отсутствие же определенности с выбором формы служит несомненным признаком «проблемного» фрагмента высказывания, потери его компонентами твердых грамматических опор. Что не так? Представленный фрагмент — часть не известного нам предложения. Эта часть занимает зависимую позицию в предложении и начинается с предлога по, указывающего на эту зависимую позицию. Предлог по выражает некое отношение к компоненту обыкновенные именные акции (суть отношения нам не известна, но автором оно точно определено). Сразу же сообщается о том, что акции находятся в государственной собственности, а также называется количество акций. Оказывается, «проблемный» фрагмент предложения содержит три сообщения! Допускаем, что такая высокая концентрация информации в одном фрагменте чем-то оправдана. Но на наш взгляд, предложение лучше избавить от синтаксических «этажей» и изменить его таким образом, чтобы выбор грамматической формы употребляемых слов был предсказуем. Читателю (слушателю) тоже будет намного легче разбираться в смысле написанного (сказанного).