Правильно: в г. Краснодаре. Подробнее см. в «Письмовнике».

В предложении Воцарилась ночь, до самых краёв налитая прохладным воздухом и запахом воды слово налитая является причастием, на что указывает наличие у него зависимых слов прохладным воздухом и запахом воды, обозначающих объект действия.  

Для постановки запятой в указанной позиции нет оснований.

Фраза построена правильно. Оборот с предлогами от... до... не образует сочинительного словосочетания, и существительное море относится только к ближайшему прилагательному. Сравним: На обширном пространстве от Черного [моря] до Каспийского моря и На обширном пространстве Черного и Каспийского морей.

Нужно обособить оборот с предлогами от... до..., поясняющий сочетание на самых различных грунтах: Они обитают на самых различных грунтах, от литорали до ультраабиссальных глубин Мирового океана, и ввиду значительной численности являются важным компонентом морских экосистем.

Окончание творительного падежа после основ на шипящий пишется по-разному в зависимости от ударения (ножо́м, но му́жем; свечо́й, но да́чей), таково правило орфографии. Чтобы объяснить, чем обусловлено правило, обратимся к истории. Исторически оправданным является написание после шипящих гласной е, и еще в ХVIII веке в формах творительного падежа писали окончания -ем и -ей (платежемъ, барышемъ, падежемъ, плащемъ, ножемъ, сивучемъ, пращей). Постепенно в ударных позициях вслед за изменившимся произношением е заменяется на о, и такое написание становитя обычным под влиянием слов с основой на парные согласные по твердости-мягкости (столо́м, окно́м, стено́й). То есть в словах с ударными окончаниями побеждает написание «по выговору», а безударные окончания не изменяют традиции. Подробнее см. в труде Я. К. Грота «Спорные вопросы русского правописания от Петра Великого доныне» (с. 727–732).

Вы правы в том, что произношение слова в языке-источнике является главным ориентиром при передаче его по-русски. Поэтому в настоящее время наметилась тенденция передавать английское «l» твердым русским согласным. Но это касается тех собственных имен, в отношении которых нет устойчивой традиции употребления, а там, где такая традиция есть, этого делать не стоит. Поэтому давайте оставим такие принадлежащие известным людям имена, как Вальтер, Гендель, Гумбольд, Линкольн и проч., в их устойчивом написании. Что касается фамилии Олкотт, то здесь вполне возможна и передача без мягкого знака. Ничего страшного, если одинаковые фамилии, но принадлежащие разным людям, будут передаваться неодинаково. Например, наряду с фамилией Вульф можно встретить и Вулф. Такое, кстати, может происходить и с русскими фамилиями, ср. Кузьмин и Кузмин. Но это относится преимущественно к собственным именам. Если же слово нарицательное и оно уже попало в словари, то менять его написание нецелесообразно.