Во-первых, никаких «новых правил» не существует: официально действующими по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года. Во-вторых, постановка запятой после слов с уважением обусловлена исключительно письменной традицией: запятую здесь принято ставить, хотя никаких пунктуационных оснований для этого нет.

Запятые расставлены верно, а вот после цифр, с помощью которых нумеруются части перечня, нужно поставить не скобку, а точку, поскольку каждый пункт начинается с прописной буквы и оканчивается точкой:

Что делаем сегодня?
1. Подумаем, зачем мы вообще сегодня здесь собрались.
2. Узнаем, что такое референс-менеджеры...

Право, не знаем, как ответить на Ваш вопрос, кроме "потому что есть". Ср.: нелюбимая с какого времени (детство — точка отсчета); неразвитая (в значении "отсталая") — к какому времени (1990-е — точка результата). 

Кавычки уместны в обоих случаях. 

Запятая нужна, она должна отделять главную часть от относящейся к ней придаточной. 

В предложении в качестве однородных членов выступают слово и придаточное предложение. Это грамматическая ошибка. 

Часть а там — всего лишь хитрый бюрократ представляет собой предложение с отсутствующим сказуемым, не восстанавливаемым из контекста (так называемое эллиптическое предложение). В таких предложениях на месте отсутствующего сказуемого обычно ставится тире (см. «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), параграф 18). В Вашем случае тире после обстоятельства там уместно еще и потому, что оно обозначает паузу, создающую эффект неожиданности.

Знаки препинания расставлены верно.

Тире нужно. В правиле о тире перед словом это не указан тип сказуемого. 

Тире ставится перед словами это, это есть, значит, это значит, вот, присоединяющими сказуемое к подлежащему: Поймать ерша или окуня — это такое блаженство! (Ч.); Спорт и культура — вот два ключа к радости, красоте (газ.); Понять — значит простить; Самая поздняя осень — это когда от морозов рябина сморщится и станет, как говорят,«сладкой» (Пришв.) — в роли сказуемого выступает целое предложение.

Подобные ситуации, к сожалению, не описаны в правилах. Здесь конфликтует два правила — об обособлении определения, относящегося к личному местоимению (такие определения обособляются), и о необособлении приложений с союзом как со значением тождества, приравнивания. Мы рекомендуем запятые ставить, так как определение при личном местоимении всегда приобретает дополнительное обстоятельственное значение, что является еще одним условием обособления.