Правильно: представить копии документов, подтверждающих... (если речь идет о том, что заявители должны предъявить копии).
Глаголы управлять, руководить, администрировать не имеют видовых пар совершенного вида, которые могли бы употребляться в рамках литературной нормы. Единственный выход — использование тех самых «громоздких формулировок», о которых Вы пишете.
Для постановки запятой нет оснований (два однородных члена вознаграждений и наказаний соединены союзом и). Повторять предлог за не нужно.
Корректно: Система вознаграждений за выполнение норм, согласие с ними и наказаний за отклонение от них.
Оба варианта могут считаться правильными, хотя есть нюансы.
Во-первых, безоговорочно можно считать предложно-падежную форму из + Р. п. несогласованным определением, если ее можно заменить прилагательным — согласованным определением. Например, Наф-Наф строит дом из камней = каменный дом. Но есть следующий пункт.
Во-вторых, существенное значение имеет то, актуализирован в контексте материал, из которого строится шалаш, или нет. Если материал важен (например, в сказке о трех поросятах он играет ключевую роль), то предпочтительнее видеть в нашей предложно-падежной форме косвенное дополнение: важно не просто какой строится шалаш (на вопрос какой? можно ответить десятком разных прилагательных, отнюдь не обязательно называющих материал), а именно из чего. Поэтому в той же сказке в конструкциях дом из соломы, дом из веток, дом из камней предпочтительнее видеть косвенное дополнение.
Вывод: целесообразно оценивать контекст. Если контекста нет, то предложение воспринимается как сообщение о том, из чего именно построен шалаш (тогда дополнение). Если же из контекста понятно, что материал не в фокусе внимания (Надо было устраиваться на ночлег. Мы быстро соорудили шалаш из веток, разожгли костер и начали готовить себе ужин), тогда вполне можно считать, что перед нами несогласованное определение.
Возможны оба варианта (именительный и родительный падеж), однако в текстах технического и официально-делового характера принято использовать форму именительного падежа: Закупка на выполнение работ по изготовлению полиграфической продукции (календари настольные на 2025 год).
В данном предложении "что надо" является дополнением, запятая не нужна.