Очевидно, составители академического орфографического словаря приняли решение о дефисном написании существительного скан-копия потому, что сочли часть скан не сокращением слова сканированный (ср., например: кофемашина (= кофейная/кофеварочная машина), а аналитическим (несклоняемым) прилагательным. Ср. дефисные написания слов типа онлайн-сервис, коктейль-бар и т. п. 

Такое решение (заметим, что слово скан-копия было включено в словарь лишь в 2022 году) может быть со временем пересмотрено орфографистами (особенно при наличии слитно пишущегося слова ротакопия "ротапринтная копия печатного издания"). 

Да, имеются в виду разноспрягаемые глаголы. См. в учебнике Е. И. Литневской, раздел Глагол. Спряжение.

Упомянутая в вопросе заметка посвящена фразеологизированным синтаксическим конструкциям с глаголами быть, найти (найтись), остаться. О них действительно идет речь в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя — в параграфе 41.7. Такие предложения, по формулировке «Русской грамматики» 1980 г., «обозначают возможность осуществления действия или состояния, обусловленную наличием субъекта, объекта или необходимого обстоятельства». Иначе говоря, глаголы, образующие такие предложения, должны иметь значение наличия, существования. Глаголы искать, знать и большинство других не имеют такого значения (например, искать — действие, знать — состояние) и не могут образовывать подобные фразеологические конструкции. Перед нами обычные сложноподчиненные предложения с придаточным изъяснительным: Мы знаем, куда инвестировать; Ищешь, куда инвестировать?

Да, в таких случаях необходим вертикальный пробел. 

«Мы не идем сегодня гулять?» — это вопрос с псевдоотрицанием, потому что он практически равнозначен вопросу без отрицания: «Мы идем сегодня гулять?» Во всяком случае, именно так он обычно воспринимается. Отрицательная частица здесь относится не к действию, обозначенному глаголом, а к совершенно иному слою содержания высказывания, она вносит в высказывание примерно следующий смысл: ‘Не имеет ли место ситуация «Мы сегодня идем гулять»?’ Это означает, что задающий вопрос испытывает сомнение по поводу действительности ситуации «Мы сегодня идем гулять», и вот это сомнение отрицательная частица как раз и отражает. 

Отвечая «Нет», собеседник тем самым сообщает: ‘Такая ситуация места не имеет’ = ‘Мы не идем гулять’.

Поэтому ответ «Нет» обычно означает «Нет, не идем» и именно так воспринимается.

Точно так же, когда вы спрашиваете только что упавшего ребенка: «Ты не ушибся?», а он отвечает «Нет», — вы успокаиваетесь, потому что его «Нет» означает, что он не ушибся, ситуация «Ребенок ушибся» места не имеет.

Следует заметить, что в данном случае уместнее говорить о нормах не русского языка, а речевого поведения. Если человек хочет быть понятым правильно, он не ограничится односложным «Нет», а добавит «не идем» — и недопонимание будет исключено.

Корректно (если часть На трибунах «Стэмфорд Бридж» раздался оглушительный хохот — это тоже слова, которые пишет Даунинг): «„Это что такое — похороны 'Челси'?“ — выкрикнул какой-то шутник, — пишет Даунинг. — На трибунах „Стэмфорд Бридж“ раздался оглушительный хохот».