Правила написания таких названий в лингвистической литературе не сформулированы. Ближайшая аналогия — названия аэропортов, которые в справочниках рекомендуется писать без кавычек. Представляется логичным использовать эту рекомендацию и при написании названий авиабаз.

В данном предложении запятая перед первым союзом и не требуется. Однако оно требует некоторой корректировки: Обращаю Ваше внимание на то, что вышеуказанные пункты отсутствуют в проекте либо выполнены не в полном объеме и что при их предоставлении и последующем рассмотрении могут быть выявлены новые замечания. 

Слово потому — это наречие причины, такие наречия не являются вводными словами и не требуют постановки знаков препинания.

Верно: в порядке и по форме, установленным Министерством внутренних дел Российской Федерации.

Предпочтительно не склонять: в городе-государстве Вавилон, в полисе Спарта. Географические названия, включая городские и административные, как правило, склоняются, если они являются славянскими или давно освоенными именами в русском языке. Но в случае городов-государств и названий греческих полисов предпочтительно не склонять по аналогии с другими названиями территориальных единиц, приведенных в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (2013).

Отчества типа Икромжон угли и Абдухафиз кизи не склоняются.

Обычно в начале документов пишется: далее – «Заказчик», далее – «Подрядчик», далее – «Договор». После этого указанные слова в тексте пишутся уже без кавычек и с большой буквы.

В случае если в начале документа эти слова не обозначены как условные наименования, их следует писать без кавычек и с маленькой буквы.

Всё, что написано в этой статье, актуально. Склоняемый вариант — строгая литературная норма, несклоняемый по-прежнему считается допустимым только для разговорной речи.

Корректно: в городе Самаре, в городе Москве.

Инициалы в этом случае лучше поставить перед фамилией.