Перед одиночным союзом и, соединяющим однородные придаточные части (в данном случае они зависят от глагола подсказать), запятая не ставится: Что влияет на сроки создания и реализации проекта, что в них входит, а что нет и, главное, как минимизировать не только финансовые, но и временные затраты заказчика, может и должен подсказать архитектор.

Склонение мужской фамилии Коток обязательно. Фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Котка, Котку и т. д.) и с сохранением гласного (Котока, Котоку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии.

Эти варианты можно употреблять, они не противоречат норме. Вот как характеризуют понятие старшей и младшей нормы авторы «Большого орфоэпического словаря» под ред. Л. Л. Касаткина: «Орфоэпические варианты могут характеризовать младшую норму, возникшую недавно и свойственную главным образом младшему поколению носителей литературного языка, и старшую норму — уходящую, свойственную главным образом старшему поколению. Новое произношение постепенно вытесняет старое, но на определенном этапе развития литературного языка обе нормы сосуществуют; например, для некоторых сочетаний согласных традиционно произношение мягкого согласного перед мягким: [з’в’]ерь, е[с’л’]и; по новой норме первый согласный — твёрдый: [зв’]ерь, е[сл’]и».

Правила Вы можете посмотреть в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина.

В приведенных Вами предложениях знаки нужно расставить следующим образом. 

1. И хотя было уже поздно, я решил остаться. И когда взошло солнце, никто уже не спал. В начале предложения между союзом и и подчинительным союзом запятая не ставится. 

2. Они побежали и, если бы не свет от фонаря, точно растянулись бы на земле. Перед и запятая не нужна, так как союз соединяет однородные сказуемые; после и запятая нужна, так как придаточную часть можно переставить в другую часть предложения, что связано с отсутствием второй части союза если... то.

Знак препинания нужен обязательно. При перечислительной интонации ставится запятая; чтобы подчеркнуть значение результата, следствия во второй части, можно поставить тире.

Правильное сокращение: и. о. (и. о. генерального директора, и. о. заместителя генерального директора).

Да, первое слово в названии должности в шапке письма и в подписи пишется с прописной буквы. Обратите внимание: название должности министр пишется со строчной буквы, поэтому правильно: Заместителю министра...

Распространенные приложения, стоящие после определяемого слова — существительного или местоимения, а также отделенные от них другими членами предложения или относящиеся к отсутствующему члену предложения, обособляются запятыми. таким образом, верно: Необходимо перевести Иванова И. И., старшего документоведа, на период отсутствия основного работника...

Предпочтительный вариант: И я еще раз задумалась: что значит стать подлинным учеником?

Оба варианта возможны.