Верно: в городе Орле.
Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, чаще не склоняются в сочетании со словом город: у города Межгорье.
Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.
Правильно: в городе Элисте.
Правильно: в Саратове, в городе Саратове.
Правильно: в Краснодаре, в Воронеже.
Правильно: по городу расклеены афиши.
Правильно: в Москве и (в официально-деловой речи) в городе Москве.
Верно: в городе Перевозе.
См. «Горячую десятку вопросов».
