Как правило, пишутся с прописной названия самостоятельных подразделений органов власти и иных государственных органов. Названия комитетов, департаментов, отделов и т.д. в составе этих подразделений пишутся со строчной буквы.
Второй вариант корректен.
Запятая нужна. Здесь действует правило о знаках препинания в сложноподчиненном предложении. Подробнее эта ситуация описана в справочниках Д. Э. Розенталя:
В составе сложноподчиненного предложения может быть неполное предложение — в главной части или придаточной:
1) неполное в главной части: Вот уже два года, как мы женаты...;
2) неполное или близкое к неполному в придаточной части: ...Делайте всё, что нужно; Поставьте, как вам удобно; Сообщите, кому следует...
Деепричастия и деепричастные обороты не обособляются, если деепричастие в составе определительной придаточной части имеет в качестве зависимого слова союзное слово который. Верно: Желание, играя на котором можно сделать из подростков послушных кукол.
Указанная запятая не требуется, так как соединенные союзом и простые предложения в составе сложного имеют общую для них часть сложного предложения.
Слова да и нет, выражающие утверждение и отрицание, в составе предложения отделяются или выделяются запятой. Верно: Нет, я.
Между двумя придаточными, соединенными одиночными соединительными или разделительными союзами и, или, либо, да (в значении «и»), запятая не ставится. Верно: Наркотические вещества, которые занесены в особый список и в отношении которых определен алгоритм действий данным Порядком, должны пройти...
Общее правило таково: в составе сложноподчиненных предложений запятой отделяются неполные или близкие к неполным придаточные предложения (Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование. 7-е изд. М., 2010). К особым случаям, когда запятая в сложноподчиненном предложении не ставится, Ваше предложение не относится.
В справочнике «Современный русский язык. Пунктуация» Д. Э. Розенталь, описывая более подробно пунктуацию в сложноподчиненных предложениях с неполными частями, не приводит примеров предложений с двумя неполными частями, но указывает, что при неполной главной или неполной придаточной запятая нужна. Из всего следует, что в конструкции с двумя неполными частями запятую ставить нужно.
В указанном примере частица нет не образует отдельного простого предложения. Это сложноподчиненное предложение из двух частей.
Запятая не нужна. Деепричастие, имеющее в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием.
